Sistem pengereman dilengkapi cakram ganda di depan dengan kaliper radial 4 piston dan rem cakram tunggal di belakang dengan sistem Integral ABS Pro, yang memungkinkan sistem menyesuaikan tekanan rem saat motor sedang miring, sehingga mengurangi risiko tergelincir.
BMW R 1300 R dilengkapi dengan tiga mode berkendara: Rain, Road dan Eco. Selain itu terdapat beberapa fitur canggih lain, termasuk Driving Assistant baru, yang terdiri dari Active Cruise Control (ACC) dan Forward Collision Warning (FCW).